Ученые весьма заинтересовались, каким образом Йога Нидре удается воздействовать на мозговые центры, вызывая с одной стороны расслабление всей нервной системы, а с другой – поддерживать уровни сопротивляемости физиологических систем. Научные исследования охарактеризовали подобное состояние по-разному: «гипнагогическое состояние», «конструктивное расслабление», «реактивное расслабление». По существу, все эти характеристики определяют один и тот же процесс Йога Нидры, а именно – сочетание глубокого психофизиологического расслабления с метаболическим отдыхом, в результате чего в нервной системе происходят весьма существенные сдвиги в сторону высвобождения ранее заблокированных и напряженных зон и вовлечение их в сферу общего гармоничного функционирования.
Полученные физиологические параметры исследований подтвердили данное заключение Йога Нидры. Было установлено, что во время сеанса Йога Нидры повышается частота биоритмов мозга, снижается сердечный пульс и кровяное давление, повышается уровень циркуляции т.н. «стрессовых гормонов» (адреналина и кортазола) вследствие активизации надпочечников, существенно понижается активность нервной системы (это находит отражение в повышенном гальваническом сопротивлении кожи, ГСК). Кроме того, психологические тесты зафиксировали значительное снижение невротических состояний, тенденцию к повышению концентрации внимания и к душевному комфорту.